1861년 매사추세츠 주에서 인가를 받았다. 설립자인 윌리엄 B. 로저스는 과학기술교육을 전담하는 고등교육기관을 설립하기 위해 여러 해 동안 노력해왔다. 그러나 남북전쟁이 일어나서 1865년이 되어서야 보스턴에서 문을 열게 되었다. 첫 입학생수는 15명이었다. 초반기에는 학교 수입 가운데 1/3이 모릴 무상토지불하법에 의해 매사추세츠 주로부터 받은 것이었고 나머지는 개인의 유산이었다. 1916년 MIT는 케임브리지로 이전했다. 1878년 MIT의 총장 존 런클은 산업현장에 취직을 원하는 학생들을 대상으로 공립고등학교에서 수공(手工)을 실시해야 한다고 주장했다. 이는 후에 미국 각 학교에서 유행했던 직업 훈련 및 수공의 시초가 되었다. 훈련기간 동안 생산되는 제품의 양보다는 교육의 질을 더 중시했다. 그의 제안은 모스크바 제국 기술학교를 본딴 것이다. 이런 생각에 기초하여 MIT는 자체 내에 수공 고등학교를 설립했다. 지금 MIT가 교양과목이나 인문학 분야의 프로그램들을 제공하고 있기는 하지만 아직도 공학·사회과학·물리학·경영학 등에 더 치중하고 있다. 입학 경쟁이 치열하며 학부생들까지도 핵원자로, 전자실험실 및 초음속 바람 터널 등 최고의 시설을 사용하여 독창적 연구를 할 수 있다.